Superkomputer z Uniwersytetu Warszawskiego pomoże w leczeniu raka
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM UW) udostępniło jedno z największych europejskich środowisk obliczeniowych dedykowanych badaniom w dziedzinie biomedycyny i biotechnologii. ICM UW jest pierwszym w Polsce ośrodkiem obliczeniowym posiadającym system IBM Blue Gene/Q.
System o nazwie Nostromo został zakupiony oraz zainstalowany w ramach Projektu Centrum Badań Przedklinicznych i Technologii (CePT), którego jednym z realizatorów jest Uniwersytet Warszawski. Razem z klastrem obliczeniowych o architekturze GPU oraz systemem masowego przechowywania danych stanowi aparaturę Centrum Wielkoskalowego Modelowania i Przetwarzania Danych Biomedycznych (MODEL) prowadzonego w CePT przez ICM UW.
W ramach centrum MODEL powołane zostały dwa laboratoria (Laboratorium Wielkoskalowych Obliczeń i Przetwarzania Danych Biomedycznych oraz Laboratorium Modelowania Wizualnego i Wizualnej Prezentacji Informacji Biomedycznej), do których zadań należą przede wszystkim optymalizacja i udostępnianie aplikacji na systemach obliczeniowych, wsparcie w prowadzeniu obliczeń wielkoskalowych, praca nad nowymi wydajnymi modelami obliczeń równoległych na systemach HPC (High Performance Computing) oraz wsparcie w zakresie technik analizy wizualnej oraz przetwarzania ogromnych zbiorów danych biomedycznych.
System Nostromo udostępniony zostanie naukowcom pracującym nad problemami badawczymi w naukach biologicznych i umożliwi im prowadzenie obliczeń w skali dotychczas nieosiągalnej w polskich centrach komputerowych. Służyć będzie m.in. do przeprowadzania wielkoskalowych symulacji w modelowaniu biomolekularnym i neurobiologii.
- Nostromo to wysokiej klasy środowisko obliczeniowe dla zastosowań biomedycznych, które umożliwi prowadzenie badań na znacznie większą skalę, przy większym poziomie szczegółowości oraz w wyraźnie krótszym czasie. Instalacja tego systemu to ważny krok na drodze umacniania potencjału badawczego Centrum, który wpłynie na innowacyjność polskich badań na rzecz nowoczesnej medyny.
- powiedział dr Robert Sot, dyrektor CePT na Uniwersytecie Warszawskim.
Oparty na technologii procesorowej POWER, system IBM BlueGene/Q zainstalowany w ICM, znajduje się na 143. miejscu listy najszybszych superkomputerów na świecie (Top500.org), natomiast wynik 2GFlops/Watt plasuje go na 9. miejscu najbardziej energooszczędnych superkomputerów na świecie według rankingu Green500.org. Jest on też najbardziej energooszczędnym superkomputerem w Polsce.
Blue Gene/Q jest najnowszą generacją architektury IBM Blue Gene i stanowi przełomowy krok IBM w rozwoju wiodących technologii superkomputerowych cechujących się najwyższymi parametrami skalowalności obliczeń, niezawodności funkcjonowania oraz oszczędności energii i przestrzeni, które umożliwiają prowadzenie najbardziej wymagających symulacji z dziedziny największych wyzwań nauki, techniki i medycyny. Technologia ta jest kamieniem milowym w rozwoju rozwiązań i architektur systemów obliczeniowych skali eksa (trylion obliczeń zmiennoprzecinkowych na sekundę).
System Nostromo jest obecnie największym systemem obliczeniowym o jednolitej architekturze procesorowej w Polsce. Oznacza to, że największe i najbardziej wymagające zadania obliczeniowe będą mogły wykorzystać całą pulę 16,384 rdzeni obliczeniowych i 16TB pamięci operacyjnej dostępnych w Nostromo.
- IBM Blue Gene udostępnia naukowcom bezprecedensowe moce obliczeniowe, natomiast najważniejsze jest to, w jaki sposób będą one wykorzystane do badań nad najczęściej występującymi chorobami cywilizacyjnymi, w szczególności: chorobami nowotworowymi, neurologicznymi, układu krążenia oraz schorzeniami związanymi ze starzeniem się.
- powiedział Ales Bartunek, dyrektor generalny IBM Polska i Kraje Bałtyckie
Dostawa, instalacja oraz uruchomienie systemu Nostromo przeprowadzone zostało przez firmę Qumak. Ze względu na unikalność oraz poziom skomplikowania tej maszyny, realizacja projektu była prawdziwym wyzwaniem. Instalacja systemu wymagała m.in. zastosowania unikalnego systemu chłodzenia wodą, które umożliwia dostarczanie chłodziwa o precyzyjnie dostosowanych parametrach. System Nostromo ma również duże, w porównaniu ze standardowymi rozwiązaniami teleinformatycznymi, wymiary oraz wagę (ponad 2 tony). Instalacja zakończyła się przeprowadzeniem skomplikowanych testów akceptacyjnych wymaganych przez ICM, w tym uruchomieniem zadania obliczeniowego na wszystkich procesorach systemu, które wykazało realną moc obliczeniową dostarczonego rozwiązania.
- Dzięki wieloletniemu doświadczeniu oraz kompetencji naszych inżynierów w zakresie instalacji tego typu rozwiązań, możliwości technologiczne systemu IBM Blue Gene/Q będą mogły zostać w pełni wykorzystane przy realizacji niezwykle złożonych obliczeń projektu CePT.
- powiedział Wojciech Żurek, project manager wdrożenia, inżynier ds. technologii HPC w firmie Qumak.
Oficjalne otwarcie i prezentacja systemu Nostromo nastąpi podczas odbywającej się 25 marca 2013 r. konferencji inaugurującej działalność centrum MODEL. Konferencji towarzyszyć będzie szkolenie dla użytkowników nowego systemu przeprowadzone przez specjalistów z IBM Research, które odbędzie się 26 marca 2013 r.
on
